在對湖泊治理進行生物操縱管理之前，應該對所用的方法進行理論和應用方面的評價，建立適當的管理設施和組織，并以實現管理目標為基礎制定出詳細的工作計劃。生物操控規劃階段還應詳盡地征求所有者和公眾的意見。此外，應防止肉食性魚類和其他有價值的物種從未管理區遷徒進入管理區，這一點對于管理規劃十分關鍵。對于一些需削減魚群的湖泊，還應做好必要的準備工作，包括捕撈、運輸和最終使用歸宿等。對于小型湖泊而言, 當地居民的參與比較重要；對于大型湖泊而言，其管理規劃必須要有有經驗的專業漁民的參與，因為他們擁有捕撈、運輸魚類的技術和必要的設備以及器具。
由于捕魚和生物操縱對魚類群落的生物和物理化學影響是不斷變化的，因此，對湖泊治理進行實時、連續監測也很重要，這樣，管理者可以根據管理目標的狀態來不斷調整管理策略， 以找到合適的方法進行湖泊治理的恢復與管理。
