生態工程措施包括環境生態工程及物理生態工程。
環境生態工程
如構建湖濱沿岸帶人工濕地、人工復合生態系統等。人工濕地是通過物理、生物等協同作用以達到對污水的凈化。構建湖濱沿岸帶濕地選取的植物主要是蘆葦、菖蒲、茭草、水芹等。濕地的類型有表面流濕地、潛流型濕地、垂直流濕地及復合垂直流濕地（上行流、下行流復合）。構建湖濱沿岸帶濕地主要是凈化外源污染中的面源污染，人工濕地在國內外有廣泛的應用，但對內源污染難以有效，而即使減輕了外在負荷，湖泊和水庫沉積物中氮和磷的內部再循環仍能使富營養化條件持續相當長的時期，因此只能作為控制湖泊藻類水華暴發，恢復生態的輔助措施，對富營養化程度不高的小型湖泊及一些小型娛樂水體可作為單獨采取的措施，因這些水體主要在于防止其富營養化，或者作為小規模污水處理的措施，對于大型水體難以采用，因為大型水體周邊一般難以找到足夠的空地建造這樣的濕地。
物理生態工程
是通過管理、物理措施和移植生物種群等措施，提高廣闊自然水體對太陽能的利用率，提高水體自然凈化能力，并盡可能將水中污染物資源化并加以利用，形成生物環保產業。物理生態工程最大的障礙是要求水體本身具有相當大的透明度。
